Le logo de l'école a été conçu par Fernand et Denise Comeau, élèves qui ont fréquenté le centre et qui avaient remporté le concours de sélection.
Le logo s'inspire du lever du soleil à l'horizon sur le havre de Saint-Jean (le début d'une journée, d'une nouvelle aventure). Les rayons du soleil s'élèvent entre les lettres qui désignent le Centre scolaire et communautaire Samuel-de-Champlain. Les oiseaux symbolisent l'envol de la francophonie dans la région portuaire.
Source: Michel LaPlante
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